沒有經過腐熟發酵的羊糞有機肥中有許多病菌和寄生蟲卵，易導致瓜果蔬菜產生病蟲害，而且沒有腐熟的羊糞施入溫室，在溫室內發酵，會產生大量的熱量造成燒根燒苗現象，同時會產生氨氣、二氧化硫等有毒氣體，對瓜果蔬菜苗造成氣害。為了溫室的安全生產，在施用前必須采取堆積的方式使之充分腐熟。一般在夏季高溫季節進行腐熟，高溫堆肥必須做到以下幾點:
1、選擇距水源較近，運輸方便的地方堆積，一般一座日光溫室需堆積羊糞有機肥10-20立方米。
2、在堆積前先將糞塊打碎，加入2-5%的普通過磷酸鈣翻拌混合，這樣可減少磷素固定，使磷肥肥效明顯提高。
3、按肥料重量比例加入約50%重量的水混勻，一般以手握有水滴出為宜。
4、用塑料薄膜或泥將肥堆封嚴，堆積5-8天，肥堆逐漸下陷，可視情況進行翻堆，然后重新堆積封嚴，堆積20天左右即能充分腐熟。
植物吸收養分機理：根系吸收土壤中的營養作用在于根毛區，根毛區間隔根尖約10cm，由于根毛區根毛數量多，吸收面積大，和土壤的觸摸面積大。因此，上肥要根據根的深度留意上肥的位置和時刻。施基肥應該施于植物根系散布密布的地方，種肥應該施于間隔種子較勁且不會燒苗的間隔，追肥應該施于根系散布密布處。一般情況下在距地表20cm左右。根系可以吸收的有離子態和分子態的營養。離子態有：NH4+、K+、CA+、MG+、Fe2+、Mn2+、Cu2+、Zn2+、NO3-、H2PO42-、SO42-、Cl-、MoO42-、H2BO3-等，分子態一般有：尿素、蛋白質、氨基酸、生長素、磷脂等。羊糞有機肥中含有多種營養元素，可以提供給植物足夠且平衡的營養。
使用綿羊糞有機肥料的好處可歸因于以下幾點：
1)羊糞中所含的大量有益微生物會在土壤中快速繁殖，并能分解土壤中的有機物。 微生物細胞死亡后，在土壤中形成了微管，以增加土壤的滲透性，使土壤蓬松柔軟，并增加水的儲存和肥料的能力，從而改土壤結構。
2)羊糞中的有益微生物可以有效抑制有害病原體的繁殖，減少農藥的使用，節省勞力和金錢，并且沒有藥物殘留。
3)脂肪肥料含有許多有益的微生物細菌，可以改土壤中微量元素的溶解，促進植物的直接吸收和利用，促進新陳代謝，改果實品質并增加產量和收入。
4)施用山羊糞肥有機肥可有效減少化肥中微量元素的流失，提高利用率。
綿羊糞有機肥是對不完全消化的有機物進行處理后的有機肥。 適用于堿性土地和貧瘠土地的地質改良，對提高作物產量有很好的作用。
